Yayasan John Paul II Pekanbaru berdiri pada tahun 2011, dengan Akta Nomor 1, tanggal 1 Agustus 2011, yang dibuat di hadapan Notaris Hanani, SH, dan perubahannya Akta Nomor 4, tanggal 7 Pebruari 2012, yang dibuat di hadapan Notaris Neni Sanitra, SH. Pendirian Yayasan ini telah mendapat pengesahan dari Kementerian Hukum dan HAM RI, Nomor AHU-1418.AH.01.04, tahun 2012, tanggal 21 Maret 2012.Pada awalnya, Yayasan John Paul II Pekanbaru menyelenggarakan Akademi Kesehatan John Paul II Pekanbaru, yang berdiri tahun 2014. Kemudian, pada 27 Juli 2026, terjadi perubahan bentuk institusi menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Kesehatan John Paul II Pekanbaru.Pendiri dan Ketua Pembina Yayasan pertama adalah Uskup Padang saat itu, Mgr Martinus Dogma Situmorang, OFM Cap. Ketua Yayasan pertama (2011-2022) adalah Rm. Antonius Konseng, Pr.Pada tahun 2022, terjadi pergantian Organ Yayasan. Ketua Pembina saat ini adalah Mgr Dr. Vitus Rubianto Solichin, SX. Susunan Pengurus Yayasan John Paul II Pekanbaru saat ini adalah:
Ketua            :  P. Dr. Alexander Irwan Suwandi, Pr.
Sekretaris    : dr. Akmal Arief Tjendekiawan, MARS.
Bendahara   : Drs. Frans Kalita Gazali.
Anggota      : drg. Viviyanti, DPH, MHealSc.                                       
                        Laurensia Emilia, S.H.                     
                        Ir. Iskak Harsono.